鹿耳門航道原是良好的峽口,但由於內海台江位於六條河流的出口,在屬於幼年期地形的台灣上,地殼造山運動仍然盛行,在台江形成同時,便已註定其將陸化的命運。因此,每年降雨沖刷後,六條河流挾帶大量泥沙淤積於台江,鹿耳門航道自然水涸沙高,漸成陸埔。北線尾南北兩端港道在鄭成功登陸後漸漸淤塞,先是大員港(安平)淤塞而鹿耳門成為台灣咽喉,而清道之三年(1823) 7月,台江灣一次大風雨後,曾文溪改道向西港南流注入台江內海,因洪流挾帶內山崩陷之泥沙淤塞於台江內海。沙洲變為陸地,鹿耳門變為廢口。
鹿耳門在台灣開拓史上扮演著重要角色。----三百年前,台灣南部一處可容納千艘商船的內海(台江);其出入口便是鹿耳門海峽及大港航道。鄭成功收台後,大港航道淤積,鹿耳門成為台江唯一的出入口,極盡舟楫之利,繁榮著古城-----台南府,而今僅存一條鹿耳門溪,昔日台灣的浩翰之區也成為鹽田或魯蝦養殖場。